Terdapat empat subspesies yang dibezakan melalui warna-warna pada badan dan bentuk-bentuk ketara pada tempurungnya;

• Cuora amboinensis amboinensis (Wallacean box turtle) – Terdapat di pulau-pulau Indonesia timur: Sulawesi, Maluku, (Ambon, Buru, Halmahera, Seram), Timor dan pulau-pulau kecil di sekitarnya.

Tempurungnya (karapas) lebih rendah berbanding subspesies lain. Mempunyai bintik hitam besar pada plastron, serta kepala yg lebih besar.

• Cuora amboinensis cuoro (West Indonesian box turtle) (Schweigger, 1812) – Terdapat di pulau-pulau Indonesia bahagian barat: Sumatra (Simeulue, Nias, Enggano), Jawa, Bali dan Sumbawa.
• Cuora amboinensis kamaroma (South East Asian box turtle) Rummler & Fritz, 1991 – Malayan box turtle Terdapat di Indochina (Selatan dan Tengah Vietnam, Selatan Laos & Kembola), Thailand (Daerah Phang Nga), Singapura dan Malaysia serta Borneo.

Tempurungnya lebih tinggi, dan saiznya lebih kecil. Bentuk badan yg lebih lonjong serta kurang tanda hitam pada plastron. Ekornya lebih pendek berbanding subspesies yang lain.

• Cuora amboinensis lineata (Burmese box turtle) McCord & Philippen, 1998 – Myanmar